Pagrindinis asociacijos veiklos tikslas – skatinti Lietuvos akvakultūros gamintojų bendradarbiavimą, koordinuoti jų veiklą plėtojant akvakultūrą, ginti asociacijos narių – Lietuvos akvakultūros įmonių – interesus valstybinėse ir kitose institucijose, atstovauti asociacijos narius, panaudojant Europos Sąjungos, Lietuvos Respublikos valstybinių ir kitų institucijų, organizacijų teikiamas galimybes plėtojant akvakultūrą, teisėtomis priemonėmis reguliuoti akvakultūros produktų rinką, skatinti akvakultūros įmones naujų technologijų ir technikos diegimą žuvų veisimo ir auginimo srityse.
Asociacija savo veikla įtakoja akvakultūros įmonių pagamintų produktų pardavimo sąlygų gerinimą, skatina produktų tiekimo koncentraciją, asociacijos narių tiekiamų akvakultūros produktų kokybės gerinimą, optimizuojant akvakultūros produktų pasiūlos ir paklausos santykį ir stabilizuojant jų kainas rinkoje.
Asociacija taip pat organizuoja asociacijos narių išvykas į tarptautines konferencijas, parodas bei seminarus.
Asociacija dalyvauja Lietuvos žuvininkystės sektoriaus 2014-2020 metų veiksmų programos priemonių įgyvendinime.